В жалобе защита просила производство по делу прекратить на основании п. 2 ч. 1 ст. 24 УПК в связи с отсутствием в действиях Ходорковского и Лебедева состава преступления и «немедленно освободить их».

Адвокаты Ходорковского и Лебедева, в частности, утверждали, что обжалуемый приговор, так и последующие обжалуемые судебные акты кассационной и надзорной инстанций, являются неправосудными, вынесены с многочисленными нарушениями закона и подлежат отмене с прекращением дела. Они указывали, что «исчерпывающе подробные обоснования» данного утверждения были приведены в надзорной жалобе, поданной в Верховный суд РФ 4 февраля 2013 г.

Однако, по мнению защиты, Судебной коллегией ВС РФ эта жалоба по существу не рассмотрена: большинство изложенных в ней доводов лишь кратко упомянуты в обжалуемом надзорном определении, но оставлены без надлежащей оценки. Поэтому, считают адвокаты, Судебная коллегия ВС «грубо нарушила фундаментальный конституционный принцип равенства всех перед законом и судом» в его важнейших проявлениях: правовой определенности, предсказуемости и неизбирательности правоприменения, общеобязательности судебных актов, вступивших в законную силу. Это выразилось, в том числе, «в демонстративном игнорировании общеобязательных правовых позиций» Пленума Верховного суда РФ, Конституционного суда РФ, Высшего арбитражного суда РФ, говорилось в жалобе.

Как известно, Ходорковского и Лебедева арестовали в 2003 г. и в мае 2005 г. Мещанский райсуд Москвы приговорил их к 9 годам лишения свободы за мошенничество и неуплату налогов. Впоследствии наказание было снижено Мосгорсудом до 8 лет. Незадолго до окончания срока заключения, в декабре 2010 г. они были приговорены Хамовническим судом Москвы в рамках «второго дела» экс-руководителей «ЮКОСа» к 14 годам колонии за хищение нефти и «отмывание» денег. Через полгода Мосгорсуд снизил срок наказания до 13 лет. Он исчисляется с 2003 г, когда Ходорковский и Лебедев были арестованы по «первому делу» «ЮКОСа».

20 декабря 2012 г. президиум Мосгорсуда признал этот приговор законным, но с учетом изменений, внесенных в УК, снизил срок наказания фигурантам до 11 лет заключения каждому, кроме того, из обвинения были исключены суммы: в отношении Ходорковского – 2,838 млрд руб., в отношении Лебедева — 2,790 млрд руб. как излишне вмененные. По этому решению Ходорковский должен выйти на свободу в октябре 2014 г., а Лебедев в июле.