Как отмечали в пресс-службе Лукина, в 2005 году иск Министерства по налогам и сборам РФ к Ходорковскому и Лебедеву о возмещении имущественного вреда в размере около 17 млрд руб., в том числе в виде неуплаты налогов примерно в той же сумме, был удовлетворен Мещанским судом Москвы в полном объеме.

Однако в ходе проверки по жалобе адвоката Лебедева было установлено, что решением Арбитражного суда города Москвы за год до приговора был также удовлетворен ряд требований МНС о взыскании с ОАО «НК» «ЮКОС» около 98 млрд руб., в том числе требование, прозвучавшее в уголовном деле. Таким образом, имело место повторное взыскание ущерба в рамках уголовного и арбитражного судопроизводств (в данных делах имел место один и тот же предмет и одни и те же основания иска). В обоих решениях судами устанавливались факты применения незаконной схемы уклонения от налогообложения с помощью компаний, зарегистрированных в Свердловской области.

В связи с этим Лукин обратился с надзорной жалобой с просьбой изменить приговор в части, касающейся гражданского иска МНС к осужденным, отказав в его удовлетворении.

Однако Мосгорсуд пришел к выводу, что «приговор в части разрешения гражданского иска ФНС России к Ходорковскому и Лебедеву о взыскании с них солидарно суммы имущественного вреда является законным и обоснованным».