Вопрос: Может ли налоговая за неуплату транспортного налога ограничить выезд за пределы РФ?

Ответ:  Не может.  Ограничить может судебный пристав-исполнитель, на основании исполнительного документа. В Вашем случае, ограничение возможно только после суда.

ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН ОБ ИСПОЛНИТЕЛЬНОМ ПРОИЗВОДСТВЕ 2 октября 2007 года N 229-ФЗ

Статья 67. Временные ограничения на выезд должника из Российской Федерации

1. При неисполнении должником-гражданином или должником, являющимся индивидуальным предпринимателем, в установленный для добровольного исполнения срок без уважительных причин требований, содержащихся в исполнительном документе, сумма задолженности по которому превышает десять тысяч рублей, или исполнительном документе неимущественного характера, выданных на основании судебного акта или являющихся судебным актом, судебный пристав-исполнитель вправе по заявлению взыскателя или собственной инициативе вынести постановление о временном ограничении на выезд должника из Российской Федерации.