Спорные 345 млн руб. «Аэрофлот» заплатил в 2004-2005 годах со стоимости грузов, которые компания перевезла за рубеж. Согласно пп. 2 п.1 ст.164 Налогового кодекса она могла применить нулевую ставку НДС, но не смогла вовремя собрать документы для подтверждения льготы, а потому заплатила стандартный 18-процентный налог. В течение трех лет, положенных по закону, «Аэрофлот» также не заявил прав на льготу, а в конце 2010 года решил учесть эту сумму в составе расходов по налогу на прибыль, представив в налоговые органы уточненные декларации. Однако после камеральных проверок фискалы решили, что такой подход неправомерен.

Компания обратилась в Арбитражный суд города Москвы (дело А40-136146/11), который также отказал «Аэрофлоту» в удовлетворении его требования. Первая инстанция, равно как апелляция и кассация, руководствовались тем, что в Налоговом кодексе содержится исчерпывающий перечень ситуаций (п.2 ст.170 НК), когда уплаченный в подобной ситуации НДС может быть учтен в составе расходов, и случай «Аэрофлота» в этот перечень не входит. Поэтому, решили суды, суммы НДС при экспортных операциях по ставке 18% в случае, если налогоплательщик не подтверждает права на применение льготы, подпадают под п.19 ст.270 НК. Его норма устанавливает, что суммы НДС, полученные от покупателей товаров в состав расходов не включаются, так как они не учитываются при определении размера дохода от реализации.

В заявлении в ВАС «Аэрофлот» писал, что ст.270 в его случае применять нельзя, поскольку она касается случаев предъявления налогоплательщиком сумм налога покупателю, а компания этого не делала, поскольку заплатила в бюджет сама. На заседании президиума сегодня представитель «Аэрофлота» пытался убедить судей в неверности позиции налоговиков, апеллируя к тому, что они поставили в вину налогоплательщику исключительно его нерасторопность. На этот довод представитель Межрегиональной инспекции №6 по крупнейшим налогоплательщикам ответила, что компания выступала одновременно и плательщиком НДС, и тем лицом, которое принимает налог к вычету и добавила, что воспользоваться или нет положенной налоговой льготой — право, но не обязанность налогоплательщика. Делать это или нет, решает он сам, но должен подать документы в течение определенного периода времени, иначе это право налогоплательщик теряет, говорила она.