Шамахалова обвиняют по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество в особо крупном размере). По данным следствия, он, действуя в сговоре с неустановленными лицами, совершил хищение около 1,5 млрд рублей, принадлежащих «Внешэкономбанку». Эта статья предусматривает наказание в виде лишения свободы на срок до десяти лет с ограничением свободы на срок до двух лет.

Сам Шамхалов связывает свое уголовное преследование с рейдерскими намерениями ВЭБ, руководители которого хотят отобрать у него большой участок земли в Одинцовском районе Подмосковья.