По словам адвоката Сталины Гуревич, Столбунов объявлен следствием в международный розыск в рамках уголовного дела о вымогательстве. Он сообщила, что он находится за пределами России, где исполняет свои обязанности адвоката по защите граждан, и последнее соглашение об адвокатской помощи было с ним заключено задолго до предъявления ему обвинения. Гуревич добавила, что как только Андрей Столбунов узнал о претензиях к нему со стороны следствия, он сразу связался с ним и сообщил адрес своего местонахождения. Она отметила, что обжаловала постановление об объявлении Столбунова в розыск и намерена опротестовать его заочный арест.
По версии следствия, Столбунов пытался привлечь внимание правоохранительных органов к бывшему министру транспорта Московской области Петру Кацыву, считая, что в его деятельности имеется явная коррупционная составляющая. По мнению потерпевших, тем самым Столбунов оказывал помощь заместителю гендиректора оборонного предприятия «РАТЕП» Дмитрию Барановскому в вымогательстве у экс-министра и близких ему лиц крупной суммы. Защита Столбунова убеждена, что адвокат действовал законно.
Как сообщалось ранее, 3 сентября 2013 года судья Тверского райсуда Ксения Рачина, вынесла два решения по иску Петра Кацывы, его бывшего первого заместителя и почетного работника прокуратуры Александра Митусова, его дочери Натальи Митусовой и адвоката Наталии Весельницкой к межрегиональной общественной организацией содействия защите гражданских прав «Справедливость» и ее главе Андрею Столбунову. Первое требование истцов касалось материала под названием «Хватит «кошмарить» Кацыва», опубликованного на сайте «Справедливости» 15 сентября 2008 года В нем, в частности, утверждалось, что тогдашний министр транспорта Московской области Кацыв является одним из богатейших чиновников Подмосковья. Также автор уверял, что ему известно о громких победах чиновника в рейдерских налетах и славе его юристов, которые «пользуются режимом наибольшего благоприятствования в некоторых судах». Во второй части иска говорилось о шести заявлениях на бланках «Справедливости», подписанных Столбуновым, которые тот направил в президентскую администрацию. В одном из них он просил дать поручение органам МВД, Генпрокуратуры, ФСБ и другим провести проверку информации о том, что «Кацыв и его преступная группа завладели имуществом ОАО «Опытный завод «Стройдормаш», ОАО «МПТИС Стройдормаш» и легализовала вырученные средства, осуществляет вымогательство и попытку хищения земли ООО «Диварекс», уже присвоила земельные паи ПК «Колхоз имени Ленина»». С первой частью требований суд согласился: обязал Столбунова написать в президентскую администрацию новые письма с опровержениями. А выплаты в счет компенсации морального вреда установил в 250 000 руб. каждому истцу.
Что же касается заместителя Столбунова в «Справедливости» и одновременно замгендиректора предприятия «РАТЕП» Дмитрия Барановского, то он получил 12 лет строгого режима за вымогательство (п. «б» ч. 3 ст. 163 УК РФ). Суд счел доказанным, что с июня 2007 по июль 2009 года Барановский вымогал у Кацыва «под угрозой распространения порочащих сведений» $22,5 млн, у бывшего топ-менеджера Сбербанка Александра Алтунина – земельный участок в Московской области, а у предпринимателя Владимира Касаткина – офисное здание в центре Москвы. По последнему эпизоду 21 августа 2014 года судебная коллегия Верховного суда отменила приговор, а срок наказания был снижен до семи с половиной лет. Столбунов же всегда утверждал, что дело против его коллеги по «Справедливости» сфабриковано, а преследование связано с его гражданской позицией.