Спор возник после того, как в конце 2010 года «Роснефть» подала налоговые органы уточненные декларации по НДПИ за 2007 год, с уменьшением сумм налога к уплате. Налоговики назначили повторную выездную проверку и пришли к выводу, что возвратить следует только переплату по НДПИ за декабрь – 13,8 млн руб., а за весь остальной год «Роснефти» ничего не положено, так как она пропустила срок на возврат излишне уплаченного налога, установленный п.7 ст. 78 НК (предусматривает срок давности три года). Эта позиция была оформлена решением от 14 марта 2012 года.

«Роснефть» попыталась добиться возврата денег через суд. Свои доводы компания строила на том, что отсчет срока давности следует вести от вынесения решения инспекции по частичному возврату переплаченных средств. Однако судья АСГМ Анна Бедрацкая с этим не согласилась. «Общество должно было исчислять и уплачивать НДПИ самостоятельно, а также знать об излишне уплаченной сумме данного налога непосредственно в момент его уплаты. Возможные ошибки персонала налогоплательщика не могут рассматриваться в качестве законного основания для исчисления срока давности не с момента уплаты налога, а с момента, когда ему стало известно о такой ошибке», — указала она в решении (дело А40-171823/2012).